На этапе очистки и концентрирования необходимо получить раствор нуклеиновой кислоты нужного качества, концентрации и чистоты. Этот этап можно систематизировать следующим образом:
- Удаление нуклеиновых кислот из раствора:
- осаждение:
- высаживание из раствора (этанол, изопропанол, высаливание)
- соосаждение (ПЭГ, CTAB)
- сорбция:
- сорбция на кремниевую поверхность
- аффинная сорбция (гибридизация, олиго-dT)
- сорбция на ионнообменные смолы (Chelex)
- осаждение:
- Удаление ингибиторов из раствора:
- фенол/хлороформенная экстракция
- флоккуляция
- диализ
Выбор оптимальной методики подготовки проб заключается в поиске баланса между двумя противоречиями:
- обеспечение максимальной чистоты, концентрации и качества итогового раствора
- достижение минимальной стоимости и максимальной производительности анализа
Чем больше информации о составе образца, тем легче выбрать оптимальную методику подготовки проб.